Con anterioridad al proceso de consulta intersectorial liderado por la autoridad nacional de áreas naturales protegidas entre 1997 y 1999 y que tuvo como fruto la Estrategia Nacional de Áreas Naturales Protegidas (plan director), se entendía como SINANPE al conjunto conformado por todas las unidades físicas en sus distintas categorías.

Sin embargo, al aprobarse el plan director de 1999, esta concepción cambia considerando al sistema como un todo orgánico, con interacciones y de funcionamiento orgánico. A partir de entonces, se reconocen 3 componentes claves que integran el sistema: el componente físico, el componente social y el cuerpo legal que lo sustenta. Entre estos componentes, y a modo de la amalgama que los une e integra, están los elementos de interacción que son los medios de comunicación y los mecanismos de coordinación intersectoriales e interorganizacionales.

Es importante mencionar que en el marco del proceso de descentralización y debido al interés de los gobiernos regionales de implementar iniciativas de conservación dentro de sus respectivas jurisdicciones, el plan director actualizado (2009), propone una relación de complementariedad entre todas las ANP, cualquiera sea su nivel. De esta manera, se ha modificado la relación jerárquica que existía en el pasado, en tanto se establecía que las ACR y las ACP eran complementarias a las nacionales o al SINANPE. Dicho de otra manera, este enfoque de complementariedad reconoce que en el sistema no existen áreas de segundo grado sino que responden a intereses de conservación que pueden darse en distintos niveles.